Институт создан по решению Президиума Национальной академии наук Украины 13 ноября 1991 года при активной поддержке местных органов власти. Инициаторами и непосредственными участниками его создания были председатель Приднепровского научного центра НАН Украины академик НАН Украины Пилипенко В.В. и член-корреспондент НАН Украины Шапарь А.Г.
Расположен институт в центре Приднепровского края, в г.Днепропетровске (Украина). Занимает старинное трёхэтажное неоклассического стиля здание площадью 4 тыс.кв.м, построенное в 1909г. на средства помещицы Екатеринославской губернии Юлии Иосифовны Нестелей для женской гимназии и переданное ею в дар городу Екатеринославу (ныне г.Днепропетровск).
Начало Институту положено в феврале 1988 года, когда при Институте технической механики НАН Украины было создано Отделение проблем природопользования и региональной экономики: в его состав вошли научные подразделения трех академических институтов, работавших в г.Днепропетровске: Института кибернетики им.В.М.Глушкова (г.Киев), Института экономики промышленности (г.Донецк), Института геотехнической механики (г.Днепропетровск).
Институт был одним из первых научных учреждений в системе Национальной академии наук, созданных после провозглашения 24 августа 1991 года независимости Украины.
Одной из задач института является решение экологических проблем самого мощного в промышленном значении и наиболее техногенно нагруженного в Украине Донецко-Приднепровского региона. В институте работает 110 сотрудников, из них один член-корреспондент НАН Украины, 4 доктора и 20 кандидатов наук. Руководство со дня основания института и поныне осуществляет видный ученый в области горных наук член-корреспондент НАН Украины Шапарь Аркадий Григорьевич.
При институте работает докторантура и аспирантура по специальностям: "Экологическая безопасность", "Экология", "Открытая разработка месторождений полезных ископаемых"; есть научная библиотека, музей.